Namun, ada suatu ketika keduanya berseberangan pendapat, salah satunya dapat dilihat dari seleksi calon pimpinan (Capim) Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK). Hal itu terlihat dari dicoretnya eks juru bicara KPK, Johan Budi Sapto Pribowo dari daftar 10 nama calon pimpinan lembaga antirasuah itu. Mungkin saya belum layak jadi pimpinan KPK,” kata Johan Budi kepada Tempo, Jumat (4/10/2024). Ketua Pansel Capim KPK Muhammad Yusuf Ateh tak merespons ketika dimintai tanggapan hingga Sabtu (5/10/2024). Dugaan tak sejalannya Prabowo dan Jokowi dalam seleksi capim KPK dan calon Dewan Pengawas KPK lebih benderang setelah keinginan keduanya soal pengumuman hasil seleksi berbeda.
