El Tren Maya deforestó más de 11 mil hectáreas en el sureste, liberando alrededor de 470 mil toneladas de carbono, según el Centro de Investigación Científica de Yucatán (CICY), que pertenece al Conahcyt. Los expertos mencionan que los bosques como los que están a lo largo del Tren Maya, y que son mayoritariamente del tipo tropical, almacenan una parte importante de carbono. De esta forma, la tala de más de 11 mil hectáreas ocasionó la liberación de carbono que estaba contenida en esa flora. El tramo 5 ha sido en donde mayor cantidad de daños se han registrado. Además, es necesario considerar el impacto que tendrán los polos de desarrollo, que contemplan asentamientos poblacionales en las zonas aledañas a la construcción del Tren Maya.
